Gökçeler Kanyonu, yaban hayatı açısından da oldukça zengin bir ekosisteme sahip. Bölgede oklu kirpi, keklik, tavşan, üveyik, karatavuk, bıldırcın, çakal, tilki ve yaban domuzu gibi hayvanlar yaşam sürüyor. Ayrıca kanyonda yer alan çeşitli boyutlardaki mağaralarda cüce cinsi yarasalar da barınıyor. Doğal yaşam tutkunları için kanyon, bölgedeki fauna zenginliği ile ilgi çekici bir nokta olarak öne çıkıyor